tlynx 0.5.1.0 → 0.5.1.1
raw patch · 17 files changed
+21/−21 lines, 17 filesdep ~elynx-toolsdep ~elynx-treedep ~mwc-randomPVP ok
version bump matches the API change (PVP)
Dependency ranges changed: elynx-tools, elynx-tree, mwc-random
API changes (from Hackage documentation)
Files
- app/Main.hs +1/−1
- src/TLynx/Compare/Compare.hs +1/−1
- src/TLynx/Compare/Options.hs +1/−1
- src/TLynx/Connect/Connect.hs +1/−1
- src/TLynx/Connect/Options.hs +1/−1
- src/TLynx/Distance/Distance.hs +1/−1
- src/TLynx/Distance/Options.hs +1/−1
- src/TLynx/Examine/Examine.hs +1/−1
- src/TLynx/Examine/Options.hs +1/−1
- src/TLynx/Options.hs +1/−1
- src/TLynx/Parsers.hs +1/−1
- src/TLynx/Shuffle/Options.hs +1/−1
- src/TLynx/Shuffle/Shuffle.hs +1/−1
- src/TLynx/Simulate/Options.hs +1/−1
- src/TLynx/Simulate/Simulate.hs +1/−1
- src/TLynx/TLynx.hs +1/−1
- tlynx.cabal +5/−5
app/Main.hs view
@@ -1,7 +1,7 @@ -- | -- Module : Main -- Description : Work with phylogenetic trees--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/TLynx/Compare/Compare.hs view
@@ -4,7 +4,7 @@ -- | -- Module : TLynx.Compare.Compare -- Description : Compare two phylogenies--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/TLynx/Compare/Options.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : TLynx.Compare.Options -- Description : Options for the compare subcommand--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/TLynx/Connect/Connect.hs view
@@ -4,7 +4,7 @@ -- | -- Module : TLynx.Connect.Connect -- Description : Connect two phylogenies--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/TLynx/Connect/Options.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : TLynx.Connect.Options -- Description : Options for the connect subcommand--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/TLynx/Distance/Distance.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Description : Compute distances between trees--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/TLynx/Distance/Options.hs view
@@ -4,7 +4,7 @@ -- | -- Module : TLynx.Distance.Options -- Description : Options of tree-dist--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/TLynx/Examine/Examine.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Description : Analyze trees--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/TLynx/Examine/Options.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : TLynx.Examine.Options -- Description : Tree analysis options--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/TLynx/Options.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : TLynx.Options -- Description : TLynx general options--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/TLynx/Parsers.hs view
@@ -1,7 +1,7 @@ -- | -- Module : TLynx.Parsers -- Description : Parse Newick/Nexus tree files--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/TLynx/Shuffle/Options.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : TLynx.Shuffle.Options -- Description : Options for the connect subcommand--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/TLynx/Shuffle/Shuffle.hs view
@@ -4,7 +4,7 @@ -- | -- Module : TLynx.Shuffle.Shuffle -- Description : Shuffle a phylogeny--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/TLynx/Simulate/Options.hs view
@@ -6,7 +6,7 @@ -- | -- Module : TLynx.Simulate.Options -- Description : Argument parser for seq-ana--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/TLynx/Simulate/Simulate.hs view
@@ -4,7 +4,7 @@ -- | -- Description : Simulate reconstructed trees--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/TLynx/TLynx.hs view
@@ -1,7 +1,7 @@ -- | -- Module : TLynx.TLynx -- Description : TLynx module--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
tlynx.cabal view
@@ -1,9 +1,9 @@ cabal-version: 2.2 name: tlynx-version: 0.5.1.0+version: 0.5.1.1 license: GPL-3.0-or-later license-file: LICENSE-copyright: Dominik Schrempf (2020)+copyright: Dominik Schrempf (2021) maintainer: dominik.schrempf@gmail.com author: Dominik Schrempf homepage: https://github.com/dschrempf/elynx#readme@@ -52,12 +52,12 @@ bytestring >=0.10.12.0, comonad >=5.0.8, containers >=0.6.2.1,- elynx-tools >=0.5.1.0,- elynx-tree >=0.5.1.0,+ elynx-tools >=0.5.1.1,+ elynx-tree >=0.5.1.1, gnuplot >=0.5.6.1, lifted-async >=0.10.2, monad-logger >=0.3.36,- mwc-random >=0.14.0.0,+ mwc-random >=0.15.0.1, optparse-applicative >=0.16.1.0, parallel >=3.2.2.0, statistics >=0.15.2.0,