slynx 0.5.1.0 → 0.5.1.1
raw patch · 18 files changed
+24/−24 lines, 18 filesdep ~elynx-markovdep ~elynx-seqdep ~elynx-toolsPVP ok
version bump matches the API change (PVP)
Dependency ranges changed: elynx-markov, elynx-seq, elynx-tools, elynx-tree, mwc-random
API changes (from Hackage documentation)
Files
- app/Main.hs +1/−1
- slynx.cabal +7/−7
- src/SLynx/Concatenate/Concatenate.hs +1/−1
- src/SLynx/Concatenate/Options.hs +1/−1
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- src/SLynx/Examine/Options.hs +1/−1
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- src/SLynx/SubSample/SubSample.hs +1/−1
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- src/SLynx/Translate/Translate.hs +1/−1
app/Main.hs view
@@ -1,7 +1,7 @@ -- | -- Module : Main -- Description : Work with molecular sequence data--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
slynx.cabal view
@@ -1,9 +1,9 @@ cabal-version: 2.2 name: slynx-version: 0.5.1.0+version: 0.5.1.1 license: GPL-3.0-or-later license-file: LICENSE-copyright: Dominik Schrempf (2020)+copyright: Dominik Schrempf (2021) maintainer: dominik.schrempf@gmail.com author: Dominik Schrempf homepage: https://github.com/dschrempf/elynx#readme@@ -51,13 +51,13 @@ base >=4.7 && <5, bytestring >=0.10.12.0, containers >=0.6.2.1,- elynx-markov >=0.5.1.0,- elynx-seq >=0.5.1.0,- elynx-tools >=0.5.1.0,- elynx-tree >=0.5.1.0,+ elynx-markov >=0.5.1.1,+ elynx-seq >=0.5.1.1,+ elynx-tools >=0.5.1.1,+ elynx-tree >=0.5.1.1, hmatrix >=0.20.2, monad-logger >=0.3.36,- mwc-random >=0.14.0.0,+ mwc-random >=0.15.0.1, optparse-applicative >=0.16.1.0, statistics >=0.15.2.0, text >=1.2.4.1,
src/SLynx/Concatenate/Concatenate.hs view
@@ -4,7 +4,7 @@ -- | -- Module : Analyze.Analyze -- Description : Parse sequence file formats and analyze them--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/SLynx/Concatenate/Options.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : SLynx.Concatenate.Options -- Description : ELynxSeq argument parsing--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/SLynx/Examine/Examine.hs view
@@ -5,7 +5,7 @@ -- -- Module : Analyze.Analyze -- Description : Parse sequence file formats and analyze them--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/SLynx/Examine/Options.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : SLynx.Examine.Options -- Description : ELynxSeq argument parsing--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/SLynx/Filter/Filter.hs view
@@ -4,7 +4,7 @@ -- | -- Module : Analyze.Analyze -- Description : Parse sequence file formats and analyze them--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/SLynx/Filter/Options.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : SLynx.Filter.Options -- Description : ELynxSeq argument parsing--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/SLynx/Options.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : SLynx.Options -- Description : SLynx general options--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/SLynx/SLynx.hs view
@@ -1,7 +1,7 @@ -- | -- Module : SLynx.SLynx -- Description : SLynx module--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/SLynx/Simulate/Options.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : SLynx.Simulate.Options -- Description : ELynxSim argument parsing--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/SLynx/Simulate/PhyloModel.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : SLynx.Simulate.PhyloModel -- Description : Parse and interpret the model string--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/SLynx/Simulate/Simulate.hs view
@@ -4,7 +4,7 @@ -- | -- Module : SLynx.Simulate.Simulate -- Description : Simulate multiple sequence alignments--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/SLynx/SubSample/Options.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : SLynx.SubSample.Options -- Description : ELynxSeq argument parsing--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/SLynx/SubSample/SubSample.hs view
@@ -4,7 +4,7 @@ -- | -- Module : Analyze.Analyze -- Description : Parse sequence file formats and analyze them--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/SLynx/Tools.hs view
@@ -4,7 +4,7 @@ -- | -- Module : SLynx.Tools -- Description : Common tools for sequence lynx--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/SLynx/Translate/Options.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : SLynx.Translate.Options -- Description : ELynxSeq argument parsing--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/SLynx/Translate/Translate.hs view
@@ -4,7 +4,7 @@ -- | -- Module : Analyze.Analyze -- Description : Parse sequence file formats and analyze them--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com