elynx-seq 0.5.1.0 → 0.5.1.1
raw patch · 26 files changed
+29/−29 lines, 26 filesdep ~elynx-toolsdep ~mwc-randomPVP ok
version bump matches the API change (PVP)
Dependency ranges changed: elynx-tools, mwc-random
API changes (from Hackage documentation)
Files
- elynx-seq.cabal +4/−4
- src/ELynx/Data/Alphabet/Alphabet.hs +1/−1
- src/ELynx/Data/Alphabet/Character.hs +1/−1
- src/ELynx/Data/Alphabet/DistributionDiversity.hs +1/−1
- src/ELynx/Data/Character/AminoAcid.hs +1/−1
- src/ELynx/Data/Character/AminoAcidI.hs +1/−1
- src/ELynx/Data/Character/AminoAcidS.hs +1/−1
- src/ELynx/Data/Character/AminoAcidX.hs +1/−1
- src/ELynx/Data/Character/Character.hs +1/−1
- src/ELynx/Data/Character/Codon.hs +1/−1
- src/ELynx/Data/Character/Nucleotide.hs +1/−1
- src/ELynx/Data/Character/NucleotideI.hs +1/−1
- src/ELynx/Data/Character/NucleotideX.hs +1/−1
- src/ELynx/Data/Sequence/Alignment.hs +1/−1
- src/ELynx/Data/Sequence/Defaults.hs +1/−1
- src/ELynx/Data/Sequence/Distance.hs +1/−1
- src/ELynx/Data/Sequence/Sequence.hs +1/−1
- src/ELynx/Data/Sequence/Translate.hs +1/−1
- src/ELynx/Export/Sequence/Fasta.hs +1/−1
- src/ELynx/Import/Sequence/Fasta.hs +1/−1
- test/ELynx/Data/Alphabet/DistributionDiversitySpec.hs +1/−1
- test/ELynx/Data/Sequence/AlignmentSpec.hs +1/−1
- test/ELynx/Data/Sequence/SequenceSpec.hs +1/−1
- test/ELynx/Data/Sequence/TranslateSpec.hs +1/−1
- test/ELynx/Export/Sequence/FastaSpec.hs +1/−1
- test/ELynx/Import/Sequence/FastaSpec.hs +1/−1
elynx-seq.cabal view
@@ -1,9 +1,9 @@ cabal-version: 2.2 name: elynx-seq-version: 0.5.1.0+version: 0.5.1.1 license: GPL-3.0-or-later license-file: LICENSE-copyright: Dominik Schrempf (2020)+copyright: Dominik Schrempf (2021) maintainer: dominik.schrempf@gmail.com author: Dominik Schrempf homepage: https://github.com/dschrempf/elynx#readme@@ -64,7 +64,7 @@ bytestring >=0.10.12.0, containers >=0.6.2.1, matrices >=0.5.0,- mwc-random >=0.14.0.0,+ mwc-random >=0.15.0.1, parallel >=3.2.2.0, primitive >=0.7.1.0, vector >=0.12.3.0,@@ -90,7 +90,7 @@ base >=4.7 && <5, bytestring >=0.10.12.0, elynx-seq -any,- elynx-tools >=0.5.1.0,+ elynx-tools >=0.5.1.1, hspec >=2.7.10, matrices >=0.5.0, vector >=0.12.3.0
src/ELynx/Data/Alphabet/Alphabet.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Data.Alphabet.Alphabet -- Description : Alphabets store hereditary information--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Data/Alphabet/Character.hs view
@@ -5,7 +5,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Data.Alphabet.Character -- Description : Alphabet characters--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Data/Alphabet/DistributionDiversity.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Data.Alphabet.DistributionDiversity -- Description : Summarize statistics for alphabets--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Data/Character/AminoAcid.hs view
@@ -5,7 +5,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Data.AminoAcid -- Description : Amino acid related types and functions--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Data/Character/AminoAcidI.hs view
@@ -5,7 +5,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Data.AminoAcid -- Description : Amino acid related types and functions--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Data/Character/AminoAcidS.hs view
@@ -5,7 +5,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Data.AminoAcid -- Description : Amino acid related types and functions--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Data/Character/AminoAcidX.hs view
@@ -5,7 +5,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Data.AminoAcid -- Description : Amino acid related types and functions--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Data/Character/Character.hs view
@@ -1,7 +1,7 @@ -- | -- Module : Character -- Description : Character interface--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Data/Character/Codon.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Data.Character.Codon -- Description : Codons are triplets of nucleotides--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Data/Character/Nucleotide.hs view
@@ -5,7 +5,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Data.Nucleotide -- Description : Nucleotides--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Data/Character/NucleotideI.hs view
@@ -5,7 +5,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Data.NucleotideI -- Description : Nucleotides with IUPAC characters--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Data/Character/NucleotideX.hs view
@@ -5,7 +5,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Data.NucleotideX -- Description : Extended nucleotides including gaps and unknowns--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- -- License : GPL-3.0-or-later --
src/ELynx/Data/Sequence/Alignment.hs view
@@ -1,7 +1,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Data.Sequence.Alignment -- Description : Multi sequence alignment related types and functions--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Data/Sequence/Defaults.hs view
@@ -1,7 +1,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Defaults -- Description : Various default values--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Data/Sequence/Distance.hs view
@@ -1,7 +1,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Data.Sequence.Distance -- Description : Distance functions between sequences--- Copyright : (c) Dominik Schrempf, 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf, 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Data/Sequence/Sequence.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Data.Sequence -- Description : Hereditary sequences--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Data/Sequence/Translate.hs view
@@ -1,7 +1,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Data.Sequence.Translate -- Description : Translate sequences--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Export/Sequence/Fasta.hs view
@@ -1,7 +1,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Export.Sequence.Fasta -- Description : Export Fasta sequences--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- --
src/ELynx/Import/Sequence/Fasta.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Import.Sequence.Fasta -- Description : Import Fasta sequences--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- --
test/ELynx/Data/Alphabet/DistributionDiversitySpec.hs view
@@ -1,6 +1,6 @@ -- | -- Module : ELynx.Data.Alphabet.DistributionDiversitySpec--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
test/ELynx/Data/Sequence/AlignmentSpec.hs view
@@ -1,6 +1,6 @@ -- | -- Module : ELynx.Data.Sequence.AlignmentSpec--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
test/ELynx/Data/Sequence/SequenceSpec.hs view
@@ -1,6 +1,6 @@ -- | -- Module : ELynx.Data.Sequence.SequenceSpec--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
test/ELynx/Data/Sequence/TranslateSpec.hs view
@@ -1,6 +1,6 @@ -- | -- Module : ELynx.Data.Sequence.TranslateSpec--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
test/ELynx/Export/Sequence/FastaSpec.hs view
@@ -1,6 +1,6 @@ -- | -- Module : ELynx.Export.Sequence.FastaSpec--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
test/ELynx/Import/Sequence/FastaSpec.hs view
@@ -1,6 +1,6 @@ -- | -- Module : ELynx.Import.Sequence.FastaSpec--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com