packages feed

bioinformatics-toolkit-0.6.0: tests/data/motifs.meme

MEME version 4

ALPHABET= ACGT

strands: + -

Background letter frequencies
A 0.303 C 0.183 G 0.209 T 0.306 

MOTIF lexA
letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 14 E= 3.2e-035 
 0.000000  0.000000  1.000000  0.000000 
 0.000000  0.000000  0.000000  1.000000 
 0.857143  0.000000  0.071429  0.071429 
 0.000000  0.071429  0.000000  0.928571 
 0.857143  0.000000  0.071429  0.071429 
 0.142857  0.000000  0.000000  0.857143 
 0.571429  0.071429  0.214286  0.142857 
 0.285714  0.285714  0.000000  0.428571 
 1.000000  0.000000  0.000000  0.000000 
 0.285714  0.214286  0.000000  0.500000 
 0.428571  0.500000  0.000000  0.071429 
 0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 

MOTIF YPL133C+757.pfm
letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 1 E= 0
 0.25 0.25 0.25 0.25
 0 0.5 0 0.5
 0 1 0 0
 0 1 0 0
 0.333333 0 0.333333 0.333333
 0 0 0 1
 0 0 0 1
 1 0 0 0
 0 1 0 0
 0 1 0 0
 0 0 1 0
 0.25 0.25 0.25 0.25

MOTIF 7 V_ELK1_01

letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 4 E= 0
  0.250000	  0.250000	  0.250000	  0.250000	
  0.500000	  0.000000	  0.250000	  0.250000	
  0.500000	  0.250000	  0.250000	  0.000000	
  0.750000	  0.000000	  0.250000	  0.000000	
  0.000000	  0.750000	  0.250000	  0.000000	
  0.000000	  0.000000	  1.000000	  0.000000	
  1.000000	  0.000000	  0.000000	  0.000000	
  0.000000	  0.250000	  0.000000	  0.750000	
  0.250000	  0.250000	  0.250000	  0.250000	
  0.250000	  0.750000	  0.000000	  0.000000	
  0.250000	  0.250000	  0.500000	  0.000000	
  0.250000	  0.250000	  0.000000	  0.500000