elynx-tree 0.5.1.0 → 0.5.1.1
raw patch · 45 files changed
+51/−51 lines, 45 filesdep ~elynx-nexusdep ~elynx-toolsdep ~mwc-randomPVP ok
version bump matches the API change (PVP)
Dependency ranges changed: elynx-nexus, elynx-tools, mwc-random
API changes (from Hackage documentation)
Files
- bench/Bench.hs +1/−1
- bench/Length.hs +1/−1
- bench/Lens.hs +1/−1
- elynx-tree.cabal +7/−7
- src/ELynx/Topology.hs +1/−1
- src/ELynx/Topology/Phylogeny.hs +1/−1
- src/ELynx/Topology/Rooted.hs +1/−1
- src/ELynx/Tree.hs +1/−1
- src/ELynx/Tree/Bipartition.hs +1/−1
- src/ELynx/Tree/Distance.hs +1/−1
- src/ELynx/Tree/Distribution/BirthDeath.hs +1/−1
- src/ELynx/Tree/Distribution/BirthDeathCritical.hs +1/−1
- src/ELynx/Tree/Distribution/BirthDeathCriticalNoTime.hs +1/−1
- src/ELynx/Tree/Distribution/BirthDeathNearlyCritical.hs +1/−1
- src/ELynx/Tree/Distribution/CoalescentContinuous.hs +1/−1
- src/ELynx/Tree/Distribution/TimeOfOrigin.hs +1/−1
- src/ELynx/Tree/Distribution/TimeOfOriginNearCritical.hs +1/−1
- src/ELynx/Tree/Distribution/Types.hs +1/−1
- src/ELynx/Tree/Export/Newick.hs +1/−1
- src/ELynx/Tree/Export/Nexus.hs +1/−1
- src/ELynx/Tree/Import/Newick.hs +1/−1
- src/ELynx/Tree/Import/Nexus.hs +1/−1
- src/ELynx/Tree/Length.hs +1/−1
- src/ELynx/Tree/Name.hs +1/−1
- src/ELynx/Tree/Parallel.hs +1/−1
- src/ELynx/Tree/Partition.hs +1/−1
- src/ELynx/Tree/Phylogeny.hs +1/−1
- src/ELynx/Tree/Rooted.hs +1/−1
- src/ELynx/Tree/Simulate/Coalescent.hs +1/−1
- src/ELynx/Tree/Simulate/PointProcess.hs +1/−1
- src/ELynx/Tree/Splittable.hs +1/−1
- src/ELynx/Tree/Support.hs +1/−1
- src/ELynx/Tree/Zipper.hs +1/−1
- test/ELynx/Topology/RootedSpec.hs +1/−1
- test/ELynx/Tree/Arbitrary.hs +1/−1
- test/ELynx/Tree/BipartitionSpec.hs +1/−1
- test/ELynx/Tree/DistanceSpec.hs +1/−1
- test/ELynx/Tree/Export/NewickSpec.hs +1/−1
- test/ELynx/Tree/Export/NexusSpec.hs +1/−1
- test/ELynx/Tree/Import/NewickSpec.hs +1/−1
- test/ELynx/Tree/Import/NexusSpec.hs +1/−1
- test/ELynx/Tree/PartitionSpec.hs +1/−1
- test/ELynx/Tree/PhylogenySpec.hs +1/−1
- test/ELynx/Tree/RootedSpec.hs +1/−1
- test/ELynx/Tree/SupportSpec.hs +1/−1
bench/Bench.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : Bench -- Description : Various benchmarks--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
bench/Length.hs view
@@ -1,7 +1,7 @@ -- | -- Module : Length -- Description : Benchmark length newtype--- Copyright : (c) Dominik Schrempf, 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf, 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
bench/Lens.hs view
@@ -1,7 +1,7 @@ -- | -- Module : Lens -- Description : Benchmark lens operations--- Copyright : (c) Dominik Schrempf, 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf, 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
elynx-tree.cabal view
@@ -1,9 +1,9 @@ cabal-version: 2.2 name: elynx-tree-version: 0.5.1.0+version: 0.5.1.1 license: GPL-3.0-or-later license-file: LICENSE-copyright: Dominik Schrempf (2020)+copyright: Dominik Schrempf (2021) maintainer: dominik.schrempf@gmail.com author: Dominik Schrempf homepage: https://github.com/dschrempf/elynx#readme@@ -84,9 +84,9 @@ containers >=0.6.2.1, deepseq >=1.4.4.0, double-conversion >=2.0.2.0,- elynx-nexus >=0.5.1.0,+ elynx-nexus >=0.5.1.1, math-functions >=0.3.4.2,- mwc-random >=0.14.0.0,+ mwc-random >=0.15.0.1, parallel >=3.2.2.0, primitive >=0.7.1.0, statistics >=0.15.2.0@@ -118,7 +118,7 @@ base >=4.14.1.0, bytestring >=0.10.12.0, containers >=0.6.2.1,- elynx-tools >=0.5.1.0,+ elynx-tools >=0.5.1.1, elynx-tree -any, hspec >=2.7.10 @@ -138,8 +138,8 @@ build-depends: base >=4.7 && <5, criterion >=1.5.9.0,- elynx-tools >=0.5.1.0,+ elynx-tools >=0.5.1.1, elynx-tree -any, microlens >=0.4.12.0,- mwc-random >=0.14.0.0,+ mwc-random >=0.15.0.1, parallel >=3.2.2.0
src/ELynx/Topology.hs view
@@ -1,7 +1,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Topology -- Description : Rooted topologies--- Copyright : (c) Dominik Schrempf, 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf, 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Topology/Phylogeny.hs view
@@ -1,7 +1,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Topology.Phylogeny -- Description : Phylogenetic topologies--- Copyright : (c) Dominik Schrempf, 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf, 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Topology/Rooted.hs view
@@ -4,7 +4,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Topology.Rooted -- Description : Topologies--- Copyright : (c) Dominik Schrempf, 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf, 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Tree.hs view
@@ -1,7 +1,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree -- Description : Rooted trees--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Tree/Bipartition.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Bipartition -- Description : Bipartitions on trees--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Tree/Distance.hs view
@@ -1,7 +1,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Distance -- Description : Compute distances between trees--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Tree/Distribution/BirthDeath.hs view
@@ -4,7 +4,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Distribution.BirthDeath -- Description : Birth and death distribution--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Tree/Distribution/BirthDeathCritical.hs view
@@ -4,7 +4,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Distribution.BirthDeathCritical -- Description : Birth and death distribution--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Tree/Distribution/BirthDeathCriticalNoTime.hs view
@@ -4,7 +4,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Distribution.BirthDeathCriticalNoTime -- Description : Birth and death distribution--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Tree/Distribution/BirthDeathNearlyCritical.hs view
@@ -4,7 +4,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Distribution.BirthDeathNearlyCritical -- Description : Birth and death distribution--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Tree/Distribution/CoalescentContinuous.hs view
@@ -1,7 +1,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Distribution.CoalescentContinuous -- Description : Distribution of coalescent times--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Tree/Distribution/TimeOfOrigin.hs view
@@ -4,7 +4,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Distribution.TimeOfOrigin -- Description : Distribution of time of origin for birth and death trees--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Tree/Distribution/TimeOfOriginNearCritical.hs view
@@ -4,7 +4,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Distribution.TimeOfOriginNearCritical -- Description : Distribution of time of origin for birth and death trees--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Tree/Distribution/Types.hs view
@@ -1,7 +1,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Distribution.Types -- Description : Data types for distributions on trees--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Tree/Export/Newick.hs view
@@ -1,7 +1,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Export.Newick -- Description : Export tree objects to Newick format--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Tree/Export/Nexus.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Export.Nexus -- Description : Export trees to Nexus files--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3 -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Tree/Import/Newick.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Import.Newick -- Description : Import Newick trees--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Tree/Import/Nexus.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Import.Nexus -- Description : Import trees from Nexus files--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3 -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Tree/Length.hs view
@@ -5,7 +5,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Length -- Description : Measurable labels--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Tree/Name.hs view
@@ -4,7 +4,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Name -- Description : Trees with named nodes--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Tree/Parallel.hs view
@@ -1,7 +1,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Parallel -- Description : Evaluation strategies for trees--- Copyright : (c) Dominik Schrempf, 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf, 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Tree/Partition.hs view
@@ -1,7 +1,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Partition -- Description : Partitions on rose trees--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Tree/Phylogeny.hs view
@@ -5,7 +5,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Phylogeny -- Description : Phylogenetic trees--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Tree/Rooted.hs view
@@ -4,7 +4,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Rooted -- Description : Rooted trees with labeled branches--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Tree/Simulate/Coalescent.hs view
@@ -1,7 +1,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Simulate.Coalescent -- Description : Generate coalescent trees--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Tree/Simulate/PointProcess.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Simulate.PointProcess -- Description : Point process and functions--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2018+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Tree/Splittable.hs view
@@ -1,7 +1,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Splittable -- Description : Splittable branch labels--- Copyright : (c) Dominik Schrempf, 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf, 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Tree/Support.hs view
@@ -5,7 +5,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Support -- Description : Labels with support values--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
src/ELynx/Tree/Zipper.hs view
@@ -1,7 +1,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Zipper -- Description : Zippers on rooted rose trees with branch labels--- Copyright : (c) Dominik Schrempf, 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf, 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
test/ELynx/Topology/RootedSpec.hs view
@@ -1,7 +1,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Topology.RootedSpec -- Description : Unit tests for ELynx.Topology.Rooted--- Copyright : (c) Dominik Schrempf, 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf, 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
test/ELynx/Tree/Arbitrary.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Arbitrary -- Description : Arbitrary instance, needed for QuickCheck--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
test/ELynx/Tree/BipartitionSpec.hs view
@@ -2,7 +2,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.BipartitionSpec--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
test/ELynx/Tree/DistanceSpec.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.DistanceSpec--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
test/ELynx/Tree/Export/NewickSpec.hs view
@@ -2,7 +2,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Export.NewickSpec--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
test/ELynx/Tree/Export/NexusSpec.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Export.NexusSpec -- Description : Test export of trees in Nexus files--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3 -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
test/ELynx/Tree/Import/NewickSpec.hs view
@@ -2,7 +2,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Import.NewickSpec--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
test/ELynx/Tree/Import/NexusSpec.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.Import.NexusSpec -- Description : Test import of trees in Nexus files--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3 -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
test/ELynx/Tree/PartitionSpec.hs view
@@ -2,7 +2,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.PartitionSpec--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
test/ELynx/Tree/PhylogenySpec.hs view
@@ -4,7 +4,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.PhylogenySpec -- Description : Unit tests for ELynx.Tree.Phylogeny--- Copyright : (c) Dominik Schrempf, 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf, 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
test/ELynx/Tree/RootedSpec.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.RootedSpec -- Description : Unit tests for ELynx.Tree.Rooted--- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com
test/ELynx/Tree/SupportSpec.hs view
@@ -3,7 +3,7 @@ -- | -- Module : ELynx.Tree.SupportSpec -- Description : Unit tests for ELynx.Tree.SupportSpec--- Copyright : (c) Dominik Schrempf, 2020+-- Copyright : (c) Dominik Schrempf, 2021 -- License : GPL-3.0-or-later -- -- Maintainer : dominik.schrempf@gmail.com