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@@ -1,6 +1,6 @@ The MIT License (MIT) -Copyright (c) 2014-2020 Kai Zhang+Copyright (c) 2014-2021 Kai Zhang  Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal

@@ -1,27 +1,28 @@ name:                bioinformatics-toolkit-version:             0.9.3.1+version:             0.9.5 synopsis:            A collection of bioinformatics tools description:         A collection of bioinformatics tools license:             MIT license-file:        LICENSE author:              Kai Zhang maintainer:          kai@kzhang.org-copyright:           (c) 2014-2020 Kai Zhang+copyright:           (c) 2014-2021 Kai Zhang category:            Bio build-type:          Simple extra-source-files:  README.md cabal-version:       >=1.18 data-files:   tests/data/example.bam-  tests/data/example.bed+  tests/data/example.bed.gz   tests/data/pairedend.bam   tests/data/pairedend.bedpe-  tests/data/peaks.bed-  tests/data/peaks.sorted.bed-  tests/data/example_intersect_peaks.bed+  tests/data/peaks.bed.gz+  tests/data/peaks.sorted.bed.gz+  tests/data/example_intersect_peaks.bed.gz   tests/data/motifs.fasta   tests/data/motifs.meme   tests/data/test.fastq+  tests/data/genes.gtf.gz  library   hs-source-dirs: src@@ -48,7 +49,6 @@     Bio.RealWorld.GDC     Bio.RealWorld.ID     Bio.RealWorld.Reactome-    Bio.RealWorld.UCSC     Bio.RealWorld.Uniprot     Bio.Seq     Bio.Seq.IO@@ -135,7 +135,7 @@     , tasty-hunit     , bioinformatics-toolkit     , conduit-    , conduit-combinators+    , conduit-extra     , unordered-containers     , mtl     , matrices

@@ -4,9 +4,11 @@ module Bio.Data.Bed     ( BEDLike(..)     , BEDConvert(..)-    , BED-    , BED3-    , NarrowPeak+    , BED(..)+    , BED3(..)+    , BEDGraph(..)+    , bdgValue+    , NarrowPeak(..)     , npSignal     , npPvalue     , npQvalue@@ -18,6 +20,7 @@     , BEDTree     , bedToTree     , sortedBedToTree+    , queryIntersect     , intersecting     , isIntersected     , sizeOverlapped@@ -51,7 +54,7 @@     ) where  import           Conduit-import           Control.Arrow                ((***))+import           Control.Arrow                ((***), first) import           Lens.Micro import qualified Data.ByteString.Char8        as B import qualified Data.Foldable                as F@@ -92,6 +95,14 @@         I.sortBy (compareBed `on` fst) v         return v {-# INLINE bedToTree #-}++queryIntersect :: BEDLike b => b -> BEDTree a -> [(BED3, a)]+queryIntersect x tree = map (first f) $ IM.assocs $ intersecting tree x+  where+    f (IM.IntervalCO lo hi) = BED3 chr lo hi+    f _ = undefined+    chr = x^.chrom+{-# INLINE queryIntersect #-}  intersecting :: BEDLike b => BEDTree a -> b -> IM.IntervalMap Int a intersecting tree x = IM.intersecting (M.lookupDefault IM.empty (x^.chrom) tree) $

@@ -6,6 +6,8 @@     , BEDConvert(..)     , BED(..)     , BED3(..)+    , BEDGraph(..)+    , bdgValue     , NarrowPeak(..)     , npSignal     , npPvalue@@ -26,7 +28,6 @@ import Lens.Micro.TH (makeLensesFor) import qualified Data.ByteString.Char8             as B import           Data.ByteString.Lex.Integral      (packDecimal)-import           Data.Default.Class                (Default (..)) import           Data.Double.Conversion.ByteString (toShortest) import qualified Data.HashMap.Strict               as M import qualified Data.IntervalMap.Strict           as IM@@ -122,8 +123,8 @@         getName x | x == "." = Nothing                   | otherwise = Just x         getScore x | x == "." = Nothing-                   | s >= 0 && s <= 1000 = Just s-                   | otherwise = error "score must be in [0, 1000]."+                   | s >= 0 = Just s+                   | otherwise = error "Read BED fail: score must be greater than 0"           where             s = readInt x         getStrand str | str == "-" = Just False@@ -146,8 +147,7 @@     convert bed = BED (bed^.chrom) (bed^.chromStart) (bed^.chromEnd) (bed^.name)                       (bed^.score) (bed^.strand) --- * BED3 format-+-- | BED3 format data BED3 = BED3     { _bed3_chrom       :: !B.ByteString     , _bed3_chrom_start :: !Int@@ -177,6 +177,42 @@         [a, fromJust $ packDecimal b, fromJust $ packDecimal c]     {-# INLINE toLine #-} +-- | Bedgraph format.+data BEDGraph = BEDGraph+    { _bdg_chrom       :: !B.ByteString+    , _bdg_chrom_start :: !Int+    , _bdg_chrom_end   :: !Int+    , _bdg_value       :: !Double+    } deriving (Eq, Show, Read)++makeLensesFor [("_bdg_value", "bdgValue")] ''BEDGraph++instance Ord BEDGraph where+    compare (BEDGraph x1 x2 x3 x4) (BEDGraph y1 y2 y3 y4) =+        compare (x1,x2,x3,x4) (y1,y2,y3,y4)++instance BEDLike BEDGraph where+    chrom = lens _bdg_chrom (\bed x -> bed { _bdg_chrom = x })+    chromStart = lens _bdg_chrom_start (\bed x -> bed { _bdg_chrom_start = x })+    chromEnd = lens _bdg_chrom_end (\bed x -> bed { _bdg_chrom_end = x })+    name = lens (const Nothing) (\bed _ -> bed)+    score = lens (const Nothing) (\bed _ -> bed)+    strand = lens (const Nothing) (\bed _ -> bed)++instance BEDConvert BEDGraph where+    asBed a b c = BEDGraph a b c 0+    {-# INLINE asBed #-}++    fromLine l = case B.split '\t' l of+        (a:b:c:d:_) -> BEDGraph a (readInt b) (readInt c) $ readDouble d+        _ -> error "Read BEDGraph fail: Incorrect number of fields"+    {-# INLINE fromLine #-}++    toLine (BEDGraph a b c d) = B.intercalate "\t"+        [a, fromJust $ packDecimal b, fromJust $ packDecimal c, toShortest d]+    {-# INLINE toLine #-}++ -- | ENCODE narrowPeak format: https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format12 data NarrowPeak = NarrowPeak     { _npChrom  :: !B.ByteString@@ -219,6 +255,7 @@             (readDoubleNonnegative h)             (readDoubleNonnegative i)             (readIntNonnegative j)+        go x = error $ "Cannot parse line: " <> show x     {-# INLINE fromLine #-}      toLine (NarrowPeak a b c d e f g h i j) = B.intercalate "\t"@@ -308,8 +345,8 @@     score = _bed . score     strand = _bed . strand -instance (Default a, Read a, Show a, BEDConvert bed) => BEDConvert (BEDExt bed a) where-    asBed chr s e = BEDExt (asBed chr s e) def+instance (Read a, Show a, BEDConvert bed) => BEDConvert (BEDExt bed a) where+    asBed chr s e = BEDExt (asBed chr s e) $ error "data not available"      fromLine l = let (a, b) = B.breakEnd (=='\t') l                  in BEDExt (fromLine $ B.init a) $ read $ B.unpack b

@@ -6,7 +6,7 @@  module Bio.Data.Bed.Utils     ( fetchSeq-    , fetchSeq'+    , clipBed     , CutoffMotif(..)     , mkCutoffMotif     , scanMotif @@ -47,23 +47,30 @@ import           Bio.Seq.IO import qualified Bio.Utils.BitVector as BV +clipBed :: (BEDLike b, Monad m)+        => [(B.ByteString, Int)]  -- ^ Chromosome sizes+        -> ConduitT b b m ()+clipBed chrsize = concatMapC f+  where+    f x = case M.lookup (x^.chrom) chrsize' of+        Nothing -> Nothing+        Just n -> if x^.chromStart >= n+            then Nothing+            else Just $ chromStart %~ max 0 $ chromEnd %~ min n $ x+    chrsize' = M.fromListWith (error "redundant chromosomes") chrsize+{-# INLINE clipBed #-}  -- | retreive sequences-fetchSeq :: (BioSeq DNA a, MonadIO m)+fetchSeq :: BioSeq DNA a          => Genome-         -> ConduitT BED (Either String (DNA a)) m ()-fetchSeq g = mapMC f-  where-    f bed = do-        dna <- liftIO $ getSeq g (bed^.chrom, bed^.chromStart, bed^.chromEnd)-        return $ case bed^.strand of-            Just False -> rc <$> dna-            _          -> dna+         -> BED+         -> IO (Either String (DNA a))+fetchSeq g bed = do+    dna <- getSeq g (bed^.chrom, bed^.chromStart, bed^.chromEnd)+    return $ case bed^.strand of+        Just False -> rc <$> dna+        _          -> dna {-# INLINE fetchSeq #-}--fetchSeq' :: (BioSeq DNA a, MonadIO m) => Genome -> [BED] -> m [Either String (DNA a)]-fetchSeq' g beds = runConduit $ yieldMany beds .| fetchSeq g .| sinkList-{-# INLINE fetchSeq' #-}  -- | Motif with predefined cutoff score. All necessary intermediate data -- structure for motif scanning are stored.

@@ -1,11 +1,15 @@ {-# LANGUAGE OverloadedStrings #-} {-# LANGUAGE FlexibleContexts #-}+{-# LANGUAGE RecordWildCards #-}  module Bio.RealWorld.GENCODE     ( Gene(..)     , Transcript(..)     , TranscriptType(..)     , readGenes+    , readGenesC+    , getPromoters+    , getDomains     ) where  import           Conduit@@ -13,11 +17,14 @@ import           Data.CaseInsensitive  (CI, mk) import qualified Data.HashMap.Strict   as M import Data.List.Ordered (nubSort)-import           Data.Maybe            (fromJust)+import           Data.Maybe            (fromMaybe, fromJust, isNothing) import Lens.Micro import Data.List (foldl') import Data.Char (toLower)+import qualified Data.Vector as V +import Bio.Data.Bed+import Bio.Data.Bed.Types import           Bio.Utils.Misc        (readInt)  data TranscriptType = Coding@@ -47,12 +54,16 @@  -- | Read gene information from Gencode GTF file readGenes :: FilePath -> IO [Gene]-readGenes input = do-    (genes, transcripts, exons, utrs) <- readElements input+readGenes input = runResourceT $ runConduit $ sourceFile input .| readGenesC++readGenesC :: Monad m => ConduitT B.ByteString o m [Gene]+readGenesC = do+    (genes, transcripts, exons, utrs) <- readElements     let t = M.fromList $ map (\(a,b) -> (transId b, (a,b))) transcripts     return $ nubGene $ M.elems $ foldl' addTranscript         (M.fromList $ map (\x -> (geneId x, x)) genes) $         M.elems $ foldl' addUTR (foldl' addExon t exons) utrs+{-# INLINE readGenesC #-}  nubGene :: [Gene] -> [Gene] nubGene gs = nubSort $ map nubG gs@@ -62,13 +73,10 @@                , transUTR = nubSort $ transUTR t  } {-# INLINE nubGene #-} -readElements :: FilePath-             -> IO ( [Gene]-                   , [(B.ByteString, Transcript)]-                   , [(B.ByteString, (Int, Int))]-                   , [(B.ByteString, (Int, Int))] )-readElements input = runResourceT $ runConduit $ sourceFile input .|-    linesUnboundedAsciiC .| foldlC f ([], [], [], [])+readElements :: Monad m => ConduitT B.ByteString o m+    ( [Gene], [(B.ByteString, Transcript)]+    , [(B.ByteString, (Int, Int))], [(B.ByteString, (Int, Int))] )+readElements = linesUnboundedAsciiC .| foldlC f ([], [], [], [])   where     f acc l         | B.head l == '#' = acc@@ -78,13 +86,14 @@         | featType == "utr" = _4 %~ ((tid, utr):) $ acc         | otherwise = acc       where-        gene = Gene (mk $ fromJust $ getField "gene_name") gid chr lPos rPos (f7=="+") []+        gene = Gene (mk $ fromMaybe (error "could not find \"gene_name\"") $+            getField "gene_name") gid chr lPos rPos (f7=="+") []         transcript = Transcript tid lPos rPos (f7=="+") [] [] tTy         exon = (lPos, rPos)         utr = (lPos, rPos)         [chr,_,f3,f4,f5,_,f7,_,f9] = B.split '\t' l-        gid = fromJust $ getField "gene_id"-        tid = fromJust $ getField "transcript_id"+        gid = fromMaybe (error "could not find \"gene_id\"") $ getField "gene_id"+        tid = fromMaybe (error "could not find \"transcript_id\"") $ getField "transcript_id"         tTy = case getField "transcript_type" of             Just "protein_coding" -> Coding             Nothing -> Coding@@ -119,13 +128,44 @@     gene{geneTranscripts = val : geneTranscripts gene}) key m {-# INLINE addTranscript #-} -{--streamElements :: Monad m => ConduitT B.ByteString BED m ()-streamElements = linesUnboundedAsciiC .| concatMapC f+getPromoters :: Int   -- ^ upstream+             -> Int   -- ^ downstream+             -> Gene+             -> [BEDExt BED3 (Int, CI B.ByteString)]+getPromoters up down Gene{..} = map g $ nubSort tss   where-    f l | B.head l == '#' = Nothing-        | otherwise = Just $ BED chr (readInt start - 1) (readInt end - 1)-            (Just name) Nothing (Just $ strand == "+")+    g x | geneStrand = BEDExt (asBed geneChrom (max 0 $ x - up) (x + down)) (x, geneName)+        | otherwise = BEDExt (asBed geneChrom (max 0 $ x - down) (x + up)) (x, geneName)+    tss | geneStrand = geneLeft : map transLeft geneTranscripts+        | otherwise = geneRight : map transRight geneTranscripts+{-# INLINE getPromoters #-}++-- | Compute genes' regulatory domains using the algorithm described in GREAT.+-- NOTE: the result doesn't contain promoters+getDomains :: BEDLike b+           => Int             -- ^ Extension length. A good default is 1M.+           -> [b] -- ^ A list of promoters+           -> [b] -- ^ Regulatory domains+getDomains ext genes+    | null genes = error "No gene available for domain assignment!"+    | otherwise = filter ((>0) . size) $ concatMap f $ triplet $+        [Nothing] ++ map Just basal ++ [Nothing]+  where+    f (left, Just bed, right) =+      [ chromStart .~ leftPos $ chromEnd .~ s $ bed+      , chromStart .~ e $ chromEnd .~ rightPos $ bed ]       where-        [chr,_,name,start,end,_,strand,_,_] = B.split '\t' l--}+        chr = bed^.chrom+        s = bed^.chromStart+        e = bed^.chromEnd+        leftPos+            | isNothing left || chr /= fromJust left ^. chrom = max (s - ext) 0+            | otherwise = min s $ max (s - ext) $ fromJust left ^. chromEnd+        rightPos+            | isNothing right || chr /= fromJust right ^. chrom = e + ext   -- TODO: bound check+            | otherwise = max e $ min (e + ext) $ fromJust right ^. chromStart+    f _ = undefined+    triplet (x1:x2:x3:xs) = (x1,x2,x3) : triplet xs+    triplet _ = []+    basal = V.toList $ fromSorted $ sortBed genes+{-# INLINE getDomains #-}

@@ -1,72 +0,0 @@-{-# LANGUAGE OverloadedStrings #-}--module Bio.RealWorld.UCSC-    ( UCSCGene(..)-    , getTSS-    , getJunction-    , readUCSCGenes-    , readUCSCGenes'-    ) where--import qualified Data.ByteString.Char8 as B-import Conduit-import qualified Data.Vector.Unboxed as U-import System.IO--import Bio.RealWorld.ID-import Bio.Utils.Misc (readInt)--data UCSCGene = UCSCGene-    { _geneName :: !B.ByteString-    , _chrom :: !B.ByteString-    , _strand :: !Bool-    , _transcript :: !(Int, Int)-    , _cds :: !(Int, Int)-    , _exons :: !(U.Vector (Int, Int))-    , _introns :: !(U.Vector (Int, Int))-    , _proteinId :: !UniprotID-    , _alignId :: !UCSCID-    } deriving (Show)---- | get Transcription Start Site-getTSS :: UCSCGene -> (B.ByteString, Int)-getTSS g = (_chrom g, fst $ _transcript g)---- | get exon-intron junctions-getJunction :: UCSCGene -> (B.ByteString, U.Vector Int)-getJunction g = (_chrom g, U.map fst $ _introns g)---- | read genes from UCSC "knownGenes.tsv"-readUCSCGenes :: FilePath -> ConduitT i UCSCGene IO ()-readUCSCGenes fl = do-    handle <- liftIO $ openFile fl ReadMode-    _ <- liftIO $ B.hGetLine handle   -- header-    loop handle-  where-    loop h = do-        eof <- liftIO $ hIsEOF h-        if eof-           then liftIO $ hClose h-           else do-               l <- liftIO $ B.hGetLine h-               yield $ readGeneFromLine l-               loop h-{-# INLINE readUCSCGenes #-}--readUCSCGenes' :: FilePath -> IO [UCSCGene]-readUCSCGenes' fl = runConduit $ readUCSCGenes fl .| sinkList-{-# INLINE readUCSCGenes' #-}--readGeneFromLine :: B.ByteString -> UCSCGene-readGeneFromLine xs =-    let [f1,f2,f3,f4,f5,f6,f7,_,f9,f10,f11,f12] = B.split '\t' xs-        str | f3 == "+" = True-            | otherwise = False-        trans = (readInt f4, readInt f5)-        cds = (readInt f6, readInt f7)-        exonStarts = map readInt . init . B.split ',' $ f9-        exonEnds = map readInt . init . B.split ',' $ f10-        exons = U.fromList $ zip exonStarts exonEnds-        introns = U.fromList $ zip exonEnds $ tail exonStarts-    in UCSCGene f1 f2 str trans cds exons introns (UniprotID f11) (UCSCID f12)-{-# INLINE readGeneFromLine #-}

@@ -8,12 +8,14 @@     , filterFDR     , slideAverage     , hyperquick+    , kdeWeight     , kld     , jsd     , binarySearch     , binarySearchBy     , binarySearchByBounds     , quantileNormalization+    , quantileNormalization' ) where  import Data.Bits (shiftR)@@ -26,6 +28,8 @@ import qualified Data.Matrix as M import Statistics.Sample (meanVarianceUnb, mean) import Statistics.Function (sortBy)+import Control.Parallel.Strategies (parMap, rseq)+import Statistics.Sample.KernelDensity (kde)  -- | inverse hyperbolic sine transformation ihs :: Double  -- ^ θ, determine the shape of the function@@ -90,6 +94,20 @@                           ( 1 - fromIntegral (_n-1-_x) / fromIntegral (_N-1-_m) )     e = 1e-20 +-- | Assign weights to the points according to density estimation.+kdeWeight :: Int  -- ^ number of mesh points used in KDE+          -> U.Vector Double -> U.Vector Double+kdeWeight n xs = U.map getDensity xs+  where+    (points, den) = kde n xs+    getDensity x = let i = binarySearch points x+                       lo = points U.! (i - 1)+                       lo_d = den U.! (i - 1) +                       hi = points U.! i+                       hi_d = den U.! i+                       hi_w = (x - lo) / (hi - lo)+                       lo_w = 1 - hi_w+                    in lo_w * lo_d + hi_w * hi_d  -- | compute the Kullback-Leibler divergence between two valid (not check) probability distributions. -- kl(X,Y) = \sum_i P(x_i) log_2(P(x_i)\/P(y_i)).@@ -171,3 +189,20 @@     averages = map (mean . snd . G.unzip) $ M.toRows srtMat     n = M.rows mat {-# INLINE quantileNormalization #-}++-- | Columns are samples, rows are features / genes.+quantileNormalization' :: M.Matrix Double -> M.Matrix Double+quantileNormalization' mat = M.fromColumns $ parMap rseq+    (fst . G.unzip . sortBy (comparing snd) . G.fromList . concatMap f .+    groupBy ((==) `on` (snd . snd)) . zip averages . G.toList) $+    M.toColumns srtMat+  where+    f [(a,(b,_))] = [(a,b)]+    f xs = let m = mean $ U.fromList $ fst $ unzip xs+           in map (\(_,(i,_)) -> (m, i)) xs+    srtMat :: M.Matrix (Int, Double)+    srtMat = M.fromColumns $ parMap rseq (sortBy (comparing snd) . G.zip (G.enumFromN 0 n)) $+        M.toColumns mat+    averages = parMap rseq (mean . snd . G.unzip) $ M.toRows srtMat+    n = M.rows mat+{-# INLINE quantileNormalization' #-}

@@ -32,7 +32,8 @@  bamToBedTest :: Assertion bamToBedTest = do-    bed <- readBed "tests/data/example.bed"+    bed <- runResourceT $ runConduit $+        streamBedGzip "tests/data/example.bed.gz" .| sinkList     bed' <- do         let input = "tests/data/example.bam"          header <- getBamHeader input

@@ -5,7 +5,7 @@ import           Bio.Data.Bed import           Bio.Data.Bed.Types import           Bio.Data.Bed.Utils-import Bio.Utils.BitVector+import Bio.Utils.BitVector hiding (size) import Lens.Micro import           Conduit import           Data.Function    (on)@@ -16,6 +16,8 @@ import qualified Data.HashMap.Strict as M import Data.Ord import Data.Maybe+import Bio.RealWorld.GENCODE+import Data.Conduit.Zlib   tests :: TestTree tests = testGroup "Test: Bio.Data.Bed"@@ -25,13 +27,17 @@     , testCase "mergeBed" mergeBedTest     , testCase "intersectBed" intersectBedTest     , testCase "baseMap" baseMapTest+    , testCase "domain assignment" geneDomainTest     ]  sortBedTest :: Assertion-sortBedTest = do beds <- readBed "tests/data/peaks.bed" :: IO [BED]-                 let (Sorted actual) = sortBed beds-                 expect <- fmap V.fromList $ readBed "tests/data/peaks.sorted.bed"-                 expect @=? actual+sortBedTest = do+    beds <- runResourceT $ runConduit $+        streamBedGzip "tests/data/peaks.bed.gz" .| sinkList :: IO [BED3]+    let (Sorted actual) = sortBed beds+    expect <- runResourceT $ runConduit $+        streamBedGzip "tests/data/peaks.sorted.bed.gz" .| sinkVector+    expect @=? actual  splitBedTest :: Assertion splitBedTest = (s1', s2', s3') @=? (s1, s2, s3)@@ -96,18 +102,21 @@  intersectBedTest :: Assertion intersectBedTest = do-    expect <- readBed "tests/data/example_intersect_peaks.bed" :: IO [BED3]-    peaks <- readBed "tests/data/peaks.bed" :: IO [BED3]-    result <- runResourceT $ runConduit $ streamBed "tests/data/example.bed" .| intersectBed peaks .| sinkList+    expect <- runResourceT $ runConduit $+        streamBedGzip "tests/data/example_intersect_peaks.bed.gz" .| sinkList :: IO [BED3]+    peaks <- runResourceT $ runConduit $+        streamBedGzip "tests/data/peaks.bed.gz" .| sinkList :: IO [BED3]+    result <- runResourceT $ runConduit $+        streamBedGzip "tests/data/example.bed.gz" .| intersectBed peaks .| sinkList     expect @=? result  baseMapTest :: Assertion baseMapTest = do-    BaseMap bv <- runResourceT $ runConduit $ streamBed "tests/data/example.bed" .|+    BaseMap bv <- runResourceT $ runConduit $ streamBedGzip "tests/data/example.bed.gz" .|         baseMap [("chr1", 300000000)]     let res = M.lookupDefault undefined "chr1" $             fmap (map fst . filter snd . zip [0..] . toList) bv-    expect <- runResourceT $ runConduit $ streamBed "tests/data/example.bed" .|+    expect <- runResourceT $ runConduit $ streamBedGzip "tests/data/example.bed.gz" .|         concatMapC f .| sinkList     sort expect @=? sort res   where@@ -117,3 +126,18 @@             then bed^.chromStart             else bed^.chromEnd - 1         else Nothing++geneDomainTest :: Assertion+geneDomainTest = do+    genes <- runResourceT $ runConduit $ sourceFile "tests/data/genes.gtf.gz" .|+        multiple ungzip .| readGenesC+    let promoters = bedToTree const $ zip (concatMap (getPromoters 5000 1000) genes) $ repeat ()+        domain = getDomains 1000000 $ concatMap (getPromoters 5000 1000) genes+        f x = not (isIntersected promoters x) && (c1 || c2)+          where+            c1 = isIntersected promoters (chromStart %~ (`subtract` 1) $ x) &&+                isIntersected promoters (chromEnd %~ (+1) $ x) &&+                size x < 1000000+            c2 = isIntersected promoters (chromStart %~ (`subtract` 1) $ chromEnd %~ (+1) $ x) &&+                size x == 1000000+    all f domain @=? True

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