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• tests/data/example.bed +20942/−20942
• tests/data/motif.meme +0/−23
• tests/data/pairedend.bam binary
• tests/data/pairedend.bedpe +5000/−0
• tests/data/seq.fasta +0/−37

@@ -1,24 +1,25 @@ name:                bioinformatics-toolkit-version:             0.3.1+version:             0.3.2 synopsis:            A collection of bioinformatics tools description:         A collection of bioinformatics tools license:             MIT license-file:        LICENSE author:              Kai Zhang maintainer:          kai@kzhang.org-copyright:           (c) 2014-2016 Kai Zhang+copyright:           (c) 2014-2017 Kai Zhang category:            Bio build-type:          Simple extra-source-files:  README.md cabal-version:       >=1.18 data-files:-  tests/data/*.bed-  tests/data/*.sorted.bed-  tests/data/*.bam---  tests/data/*.bam.bai-  tests/data/*.meme-  tests/data/*.fasta-+  tests/data/example.bam+  tests/data/example.bed+  tests/data/pairedend.bam+  tests/data/pairedend.bedpe+  tests/data/peaks.bed+  tests/data/peaks.sorted.bed+  tests/data/example_intersect_peaks.bed+  tests/data/motifs.fasta library   hs-source-dirs: src   ghc-options: -Wall@@ -59,6 +60,7 @@     , clustering     , conduit-combinators     , containers >=0.5+    , data-ordlist     , data-default-class     , double-conversion     , HsHTSLib@@ -104,6 +106,7 @@   other-modules:       Tests.Bed     , Tests.Bam+    , Tests.ChIPSeq     , Tests.Motif     , Tests.Seq     , Tests.GREAT

@@ -6,6 +6,7 @@     , readBam     , writeBam     , bamToBed+    , sortedBamToBedPE     ) where  import           Bio.Data.Bed@@ -14,32 +15,51 @@ import           Conduit import           Control.Monad.State (get, lift) +-- | Convert bam record to bed record. Unmapped reads will be discarded. bamToBed :: Conduit Bam HeaderState BED-bamToBed = mapMC f =$= concatC-  where-    f bam = do-        BamHeader hdr <- lift get-        case getChr hdr bam of-            Just chr ->-                let start = fromIntegral $ position bam-                    end = fromIntegral $ endPos bam-                    nm = Just $ qName bam-                    strand = Just $ not $ isRev bam-                in return $ Just $ BED chr start end nm Nothing strand-            _ -> return Nothing+bamToBed = mapMC bamToBed1 =$= concatC {-# INLINE bamToBed #-} -{--viewBam :: IdxHandle -> (B.ByteString, Int, Int) -> Source IO Bam1-viewBam handle (chr, s, e) = case lookupTarget (idxHeader handle) chr of-    Nothing -> return ()-    Just chrId -> do-        q <- lift $ query handle chrId (fromIntegral s,fromIntegral e)-        go q+-- | Convert pairedend bam file to bed. the bam file must be sorted by names,+-- e.g., using "samtools sort -n". This condition is checked from Bam header.+sortedBamToBedPE :: Conduit Bam HeaderState (BED, BED)+sortedBamToBedPE = do+    maybeBam <- await+    case maybeBam of+        Nothing -> return ()+        Just b' -> do+            leftover b'+            sortOrd <- getSortOrder <$> lift get+            case sortOrd of+                Queryname -> loopBedPE =$= concatC+                _ -> error "Bam file must be sorted by NAME."   where-    go q' = do r <- lift $ next q'-               case r of-                   Nothing -> return ()-                   Just bam -> yield bam >> go q'-{-# INLINE viewBam #-}--}+    loopBedPE :: Conduit Bam HeaderState (Maybe (BED, BED))+    loopBedPE = do+        pair <- (,) <$$> await <***> await+        case pair of+            Nothing -> return ()+            Just (bam1, bam2) -> if qName bam1 /= qName bam2+                then error "Adjacent records have different query names. Aborted."+                else do+                    bed1 <- lift $ bamToBed1 bam1+                    bed2 <- lift $ bamToBed1 bam2+                    yield $ (,) <$> bed1 <*> bed2+                    loopBedPE+      where+        (<$$>) = fmap . fmap+        (<***>) = (<*>) . fmap (<*>)+{-# INLINE sortedBamToBedPE #-}+++bamToBed1 :: Bam -> HeaderState (Maybe BED)+bamToBed1 bam = do+    BamHeader hdr <- lift get+    return $ (\chr -> BED chr start end nm sc strand) <$> getChr hdr bam+  where+    start = fromIntegral $ position bam+    end = fromIntegral $ endPos bam+    nm = Just $ qName bam+    strand = Just $ not $ isRev bam+    sc = Just $ fromIntegral $ mapq bam+{-# INLINE bamToBed1 #-}

@@ -119,6 +119,10 @@     , _strand :: !(Maybe Bool)  -- ^ True: "+", False: "-"     } deriving (Eq, Show, Read) +instance Ord BED where+    compare (BED x1 x2 x3 x4 x5 x6) (BED y1 y2 y3 y4 y5 y6) =+        compare (x1,x2,x3,x4,x5,x6) (y1,y2,y3,y4,y5,y6)+ instance Default BED where     def = BED         { _chrom = ""@@ -186,6 +190,9 @@  data BED3 = BED3 !B.ByteString !Int !Int deriving (Eq, Show, Read) +instance Ord BED3 where+    compare (BED3 x1 x2 x3) (BED3 y1 y2 y3) = compare (x1,x2,x3) (y1,y2,y3)+ instance BEDLike BED3 where     asBed = BED3 @@ -259,8 +266,8 @@  type BEDTree a = M.HashMap B.ByteString (IM.IntervalMap Int a) --- | convert a set of bed records to interval tree, with combining function for--- equal keys+-- | Convert a set of sorted bed records to interval tree, with combining+-- function for equal keys. sortedBedToTree :: (BEDLike b, F.Foldable f)                 => (a -> a -> a)                 -> Sorted (f (b, a))@@ -359,6 +366,9 @@ -- | a type to imply that underlying data structure is sorted newtype Sorted b = Sorted {fromSorted :: b} deriving (Show, Read, Eq) +-- | Compare bed records using only the chromosome, start and end positions.+-- Unlike the ``compare'' from the Ord type class, this function can compare+-- different types of BED data types. compareBed :: (BEDLike b1, BEDLike b2) => b1 -> b2 -> Ordering compareBed x y = compare x' y'   where@@ -402,8 +412,8 @@                        -> Conduit b1 m (b1, a) intersectSortedBedWith fn (Sorted b) = mapC f   where-    f bed = (bed, fn $ IM.elems $ intersecting tree bed)-    tree = sortedBedToTree const . Sorted . V.toList . V.zip b $ b+    f bed = (bed, fn $ concat $ IM.elems $ intersecting tree bed)+    tree = sortedBedToTree (++) $ Sorted $ V.map (\x -> (x, [x])) b {-# INLINE intersectSortedBedWith #-}  isOverlapped :: (BEDLike b1, BEDLike b2) => b1 -> b2 -> Bool

@@ -4,49 +4,54 @@     , GOId     , GOMap     , getParentById+    , addTerm+    , enrichment     ) where -import qualified Data.Text as T-import Data.Text.Encoding (decodeUtf8)-import qualified Data.ByteString.Char8 as B+import           Bio.Utils.Functions (hyperquick) import qualified Data.HashMap.Strict as M-import Data.Maybe+import qualified Data.HashSet        as S+import qualified Data.Text           as T  data GO = GO-    { _oboId :: !GOId-    , _label :: !T.Text+    { _oboId        :: !GOId+    , _label        :: !T.Text     , _subProcessOf :: !(Maybe GOId)-    , _oboNS :: !T.Text-    }--instance Show GO where-    show (GO a b c d) = T.unpack $ T.intercalate "\t"-        [decodeUtf8 a, b, decodeUtf8 $ fromMaybe "" c, d]+    , _oboNS        :: !T.Text+    } deriving (Show, Read) -type GOId = B.ByteString+type GOId = Int  type GOMap = M.HashMap GOId GO +type TermCount = M.HashMap GOId Int+ getParentById :: GOId -> GOMap -> Maybe GO getParentById gid goMap = M.lookup gid goMap >>= _subProcessOf                                              >>= (`M.lookup` goMap) {-# INLINE getParentById #-} -{--buildGOTree :: GOMap -> [Tree GO]-buildGOTree goMap = map build roots+-- | Add a GO term to the count table. Term counts will propogate from child to+-- its parents. This function works for cyclical graph as well.+addTerm :: GO -> GOMap -> TermCount -> TermCount+addTerm g m t = loop S.empty g t   where-    build = unfoldTree $ \x -> (x, M.lookupDefault [] (_oboId x) childrenMap)--    childrenMap = foldl' f M.empty goMap-      where-        f m go = case _subProcessOf go of-            Just x -> M.insertWith (++) x [go] m-            _ -> m-    roots = mapMaybe f . M.keys $ childrenMap+    loop visited go table+        | _oboId go `S.member` visited = table+        | otherwise = case _subProcessOf go of+            Nothing -> table'+            Just gid -> loop (S.insert (_oboId go) visited)+                (M.lookupDefault undefined gid m) table'       where-        f x = do g <- M.lookup x goMap-                 if isNothing $ _subProcessOf g-                    then Nothing-                    else Just g-                    -}+        table' = M.insertWith (+) (_oboId go) 1 table++enrichment :: (TermCount, Int)  -- ^ Background frequency and the total number+           -> (TermCount, Int)  -- ^ Foreground+           -> [(GOId, Double, Double)]+enrichment (bg, bg_total) (fg, fg_total) =+    flip map (M.toList fg) $ \(gid, fg_count) ->+        let enrich = fromIntegral (fg_count * bg_total) /+                     fromIntegral (fg_total * bg_count)+            bg_count = M.lookupDefault undefined gid bg+            p = 1 - hyperquick fg_count bg_count fg_total bg_total+        in (gid, enrich, p)

@@ -1,40 +1,40 @@ {-# LANGUAGE BangPatterns #-} module Bio.GO.GREAT     ( AssocRule(..)+    , defaultAssocRule     , getRegulatoryDomains-    , enrichedTerms+    , read3DContact+    , get3DRegulatoryDomains     ) where  import           Conduit-import           Control.Monad.Primitive-import qualified Data.ByteString.Char8        as B-import           Data.Default.Class-import           Data.Function                (on)-import qualified Data.HashMap.Strict          as M-import qualified Data.IntervalMap             as IM-import           Data.List                    (foldl', group, sort, sortBy)-import           Data.Maybe-import           Data.Ord                     (comparing)-import qualified Data.Vector                  as V-import qualified Data.Vector.Algorithms.Intro as I+import           Control.Monad         (forM_)+import qualified Data.ByteString.Char8 as B+import           Data.Function         (on)+import qualified Data.IntervalMap      as IM+import           Data.List             (foldl', sortBy)+import           Data.List.Ordered     (nubSort)  import           Bio.Data.Bed-import           Bio.GO-import           Bio.Utils.Functions+import           Bio.Utils.Misc        (readInt) --- | how to associate genomic regions with genes-data AssocRule = BasalPlusExtension Int Int Int-               | TwoNearest-               | OneNearest+-- | How to associate genomic regions with genes+data AssocRule =+    BasalPlusExtension Int Int Int  -- ^ Upstream, downstream and extension+  | TwoNearest                      -- ^ Not implemented+  | OneNearest                      -- ^ Not implemented -instance Default AssocRule where-    def = BasalPlusExtension 5000 1000 1000000+-- | The default rule is defined as -5k ~ +1k around TSSs,+-- plus up to 1000k extension.+defaultAssocRule :: AssocRule+defaultAssocRule = BasalPlusExtension 5000 1000 1000000  -- | A Gene consists of the chromosome name, TSS, strandness and an associated value. type Gene a = ((B.ByteString, Int, Bool), a) --- | given a gene list and the rule, compute the rulatory domain for each gene+-- | Given a gene list and the rule, compute the rulatory domain for each gene getRegulatoryDomains :: AssocRule -> [Gene a] -> [(BED3, a)]+getRegulatoryDomains _ [] = error "No gene available for domain assignment!" getRegulatoryDomains (BasalPlusExtension up dw ext) genes = (extendTail r ext, a) : rs   where     (rs, Just (r,a)) = foldl' f ([], Nothing) $ sortBy (compareBed `on` fst) basal@@ -54,77 +54,33 @@ getRegulatoryDomains _ _ = undefined {-# INLINE getRegulatoryDomains #-} --- | how many times a particular GO term is hit by given regions-countTerms :: (BEDLike b, Monad m)-           => BEDTree [GOId]-           -> Sink b m (Int, M.HashMap GOId Int)-countTerms tree = go 0 M.empty+-- | Read 3D contacts from a file, where each line contains 6 fields separated+-- by Tabs corresponding to 2 interacting loci. Example:+-- chr1 [TAB] 11 [TAB] 100 [TAB] chr2 [TAB] 23 [TAB] 200+read3DContact :: FilePath -> Source (ResourceT IO) (BED3, BED3)+read3DContact input = sourceFileBS input =$= linesUnboundedAsciiC =$= mapC f   where-    go !n !termCount = do-        x <- await-        case x of-            Just bed ->do-                let chr = chrom bed-                    s = chromStart bed-                    e = chromEnd bed-                    terms = nub' . concat . IM.elems . IM.intersecting-                        (M.lookupDefault IM.empty chr tree) $ IM.IntervalCO s e-                go (n+1) $ foldl (\acc t -> M.insertWith (+) t 1 acc) termCount terms-            _ -> return (n, termCount)-{--    expand = nub' . foldl f []-      where-        f acc i = traceBack i $ i : acc-        traceBack i acc = case getParentById i goMap of-            Just g -> traceBack (_oboId g) $ (_oboId g) : acc-            _ -> acc--}-{-# INLINE countTerms #-}--nub' :: [B.ByteString] -> [B.ByteString]-nub' = map head . group . sort-{-# INLINE nub' #-}+    f x = let (chr1:s1:e1:chr2:s2:e2:_) = B.split '\t' x+          in (BED3 chr1 (readInt s1) (readInt e1), BED3 chr2 (readInt s2) (readInt e2)) -{---- | since GO terms are organized as a tree, a node is considered as being hit--- if any of its children is hit. During this step, we traverse GO tree to include--- parents if the regions that hit parents are different from those hiting their--- children-expandTermCounts :: M.HashMap GOId Int -> GOMap -> M.HashMap GOId Int-expandTermCounts counts goMap = M.fromList . prune . expand $ counts+-- | 3D regulatory domains of a gene include the gene's promoter and regions+-- that contact with the gene's promoter.+get3DRegulatoryDomains :: (Monad m, Ord a)+                       => [Gene a]   -- ^ Genes+                       -> Int        -- ^ Upstream+                       -> Int        -- ^ Downstream+                       -> Conduit (BED3, BED3) m (BED3, a)+get3DRegulatoryDomains genes up dw = concatRegions >> promoters   where-    prune m = loop goTree-      where-        loop (Node p children : xs) =-            let children' = filter (\(Node (_,c) _) -> c /= 0) children-                l = length children'-            in case () of-               _ | l == 0 -> p : loop xs-                 | snd p == (snd . rootLabel . head) children' -> loop $ children' ++ xs-                 | otherwise -> p : (loop $ children' ++ xs)-        loop _ = []--        goTree :: [Tree (GOId, Int)]-        goTree = map (fmap (\x -> (_oboId x, M.lookupDefault 0 (_oboId x) m))) . buildGOTree $ goMap-    expand m = M.foldlWithKey' f M.empty m-      where-        f acc i c = traceBack c i $ M.insertWith (+) i c acc-    traceBack c i m = case getParentById i goMap of-        Just g -> traceBack c (_oboId g) $ M.insertWith (+) (_oboId g) c m-        _ -> m-{-# INLINE expandTermCounts #-}--}--enrichedTerms :: (BEDLike b1, BEDLike b2, PrimMonad m)-              => Source m b1-              -> Source m b2-              -> BEDTree [GOId]-              -> m (V.Vector (GOId, (Double, Double)))-enrichedTerms fg bg tree = do-    (n1, table1) <- fg $$ countTerms tree-    (n2, table2) <- bg $$ countTerms tree-    v <- V.unsafeThaw $ V.fromList $ M.toList $ flip M.mapWithKey table1 $ \t c ->-        let k = fromMaybe (error "x") $ M.lookup t table2-        in (1 - hyperquick c k n1 n2, fromIntegral (c*n2) / fromIntegral (n1*k))-    I.sortBy (comparing snd) v-    V.unsafeFreeze v+    promoters = forM_ genes $ \((chr, tss, str), x) ->+        if str then yield (BED3 chr (gateZero $ tss - up) (tss + dw), x)+               else yield (BED3 chr (gateZero $ tss - dw) (tss + up), x)+    concatRegions = concatMapC $ \(locA, locB) ->+        map ((,) locB) (intersect locA) ++ map ((,) locA) (intersect locB)+    basal = bedToTree (++) $ flip map genes $ \((chr, tss, str), x) ->+        if str then (BED3 chr (tss - up) (tss + dw), [x])+               else (BED3 chr (tss - dw) (tss + up), [x])+    intersect = nubSort . concat . IM.elems . intersecting basal+    gateZero x | x < 0 = 0+               | otherwise = x+{-# INLINE get3DRegulatoryDomains #-}

@@ -1,36 +1,96 @@ {-# LANGUAGE OverloadedStrings #-}+{-# LANGUAGE FlexibleContexts #-}+{-# LANGUAGE StrictData #-} module Bio.GO.Parser     ( readOWL     , readOWLAsMap+    , GAF(..)+    , readGAF     ) where  import           Control.Arrow              ((&&&))+import Conduit import qualified Data.ByteString.Lazy.Char8 as L+import qualified Data.ByteString.Char8 as B import qualified Data.HashMap.Strict        as M-import           Data.Maybe-import qualified Data.Text                  as T-import           Data.Text.Encoding         (encodeUtf8)+import           Data.Text.Encoding         (decodeUtf8) import           Text.XML.Expat.Proc import           Text.XML.Expat.Tree+import qualified Data.CaseInsensitive as CI  import           Bio.GO+import           Bio.Utils.Misc (readInt)  readOWL :: FilePath -> IO [GO] readOWL fl = do     c <- L.readFile fl     let (xml, _) = parse defaultParseOptions c-        goTerms = findChildren "owl:Class" (xml :: Node T.Text T.Text)-    return . map pickle $ goTerms+        goTerms = findChildren "owl:Class" (xml :: Node B.ByteString B.ByteString)+    return $ map process goTerms   where-    pickle x =-        let id' = encodeUtf8 . f $ findChild "oboInOwl:id" x-            label = f $ findChild "rdfs:label" x-            parent = ( encodeUtf8 . T.replace "_" ":" . snd-                     . T.breakOnEnd "/" . snd . head . getAttributes-                     ) <$> findChild "rdfs:subClassOf" x-            namespace = f $ findChild "oboInOwl:hasOBONamespace" x-        in GO id' label parent namespace-    f = getText . head . getChildren . fromJust+    process record = GO id' label parent namespace+      where+        id' = case findChild "oboInOwl:id" record of+            Nothing -> error "readOWL: cannot find id field"+            Just i -> readInt $ snd $ B.breakEnd (==':') $ getText $ head $ getChildren i+        label = case findChild "rdfs:label" record of+            Nothing -> error "readOWL: cannot find label field"+            Just l -> decodeUtf8 $ getText $ head $ getChildren l+        namespace = case findChild "oboInOwl:hasOBONamespace" record of+            Nothing -> error "readOWL: cannot find namespace field"+            Just ns -> decodeUtf8 $ getText $ head $ getChildren ns+        parent = case findChildren "rdfs:subClassOf" record of+            [] -> Nothing+            [p] -> case lookup "rdf:resource" (getAttributes p) of+                Nothing -> error "readOWL: cannot find 'rdf:resource' attribute"+                Just at -> Just $ readInt $ snd $ B.breakEnd (=='_') at+            _ -> error "readOWL: encounter multiple parents." + readOWLAsMap :: FilePath -> IO GOMap-readOWLAsMap fl = M.fromList . map (_oboId &&& id) <$> readOWL fl+readOWLAsMap fl = M.fromListWith errMsg . map (_oboId &&& id) <$> readOWL fl+  where+    errMsg = error "readOWLAsMap: Duplicate records."+++data GAF = GAF+    { gafDb :: B.ByteString+    , gafDbId :: B.ByteString+    , gafSymbol :: CI.CI B.ByteString+    , gafQualifier :: Maybe [B.ByteString]+    , gafGoId :: GOId+    , gafDbRef :: [B.ByteString]+    , gafEvidenceCode :: B.ByteString+    , gafWithOrFrom :: Maybe [B.ByteString]+    , gafAspect :: B.ByteString+    , gafName :: Maybe B.ByteString+    , gafSynonym :: Maybe [B.ByteString]+    , gafType :: B.ByteString+    , gafTaxon :: [B.ByteString]+    , gafDate :: B.ByteString+    , gafAssignedBy :: B.ByteString+    , gafAnnotationExtension :: Maybe [B.ByteString]+    , gafGeneProductID :: Maybe B.ByteString+    } deriving (Show, Ord, Eq)++-- | GO Annotation File (GAF) Format 2.1 Parser. For details read:+-- http://geneontology.org/page/go-annotation-file-gaf-format-21.+readGAF :: FilePath -> Source (ResourceT IO) GAF+readGAF input = sourceFileBS input =$= linesUnboundedAsciiC =$=+    (dropWhileC isCom >> mapC parseLine)+  where+    isCom l = B.head l == '!' || B.null l+{-# INLINE readGAF #-}++parseLine :: B.ByteString -> GAF+parseLine l = GAF f1 f2 (CI.mk f3) (optionals f4)+    (readInt $ snd $ B.breakEnd (==':') f5) (B.split '|' f6) f7 (optionals f8)+    f9 (optional f10) (optionals f11) f12 (B.split '|' f13) f14 f15+    (optionals f16) (optional f17)+  where+    [f1,f2,f3,f4,f5,f6,f7,f8,f9,f10,f11,f12,f13,f14,f15,f16,f17] = B.split '\t' l+    optional x | B.null x = Nothing+               | otherwise = Just x+    optionals x | B.null x = Nothing+                | otherwise = Just $ B.split '|' x+{-# INLINE parseLine #-}

@@ -4,17 +4,45 @@  import           Bio.Data.Bam import           Bio.Data.Bed+import           Bio.Utils.Misc        (readInt) import           Conduit+import           Control.Monad         (forM_)+import qualified Data.ByteString.Char8 as B+import           Data.Tuple            (swap) import           Test.Tasty+import           Test.Tasty.Golden import           Test.Tasty.HUnit  tests :: TestTree tests = testGroup "Test: Bio.Data.Bam"-    [ testCase "bamToBed" bamToBedTest+    [ bamIOTest+    , testCase "bamToBed" bamToBedTest+    , testCase "sortedBamToBedPE" sortedBamToBedPETest     ] +bamIOTest :: TestTree+bamIOTest = do+    goldenVsFile "BAM Read/Write Test" input output io+  where+    io = runBam $ readBam input $$ writeBam output+    input = "tests/data/example.bam"+    output = "tests/data/example_copy.bam"+ bamToBedTest :: Assertion bamToBedTest = do     bed <- readBed' "tests/data/example.bed"     bed' <- runBam $ readBam "tests/data/example.bam" =$= bamToBed $$ sinkList-    bed @=? bed'+    (bed == bed') @? "bamToBedTest"++sortedBamToBedPETest :: Assertion+sortedBamToBedPETest = do+    bedpe <- readBedPE "tests/data/pairedend.bedpe"+    bedpe' <- runBam $ readBam "tests/data/pairedend.bam" =$= sortedBamToBedPE =$=+        mapC (\(x,y) -> (convert x, convert y)) $$ sinkList+    forM_ (zip bedpe bedpe') $ \(b1, b2) -> (b1 == b2 || b1 == swap b2) @? show (b1,b2)+  where+    readBedPE fl = do+        c <- B.readFile fl+        return $ map (f . B.split '\t') $ B.lines c+    f (f1:f2:f3:f4:f5:f6:_) = ( BED3 f1 (readInt f2) (readInt f3)+                              , BED3 f4 (readInt f5) (readInt f6) )

@@ -64,7 +64,7 @@  intersectBedTest :: Assertion intersectBedTest = do-    expect <- readBed' "tests/data/example_intersect_peaks.bed" :: IO [BED]-    peaks <- readBed' "tests/data/peaks.bed" :: IO [BED]+    expect <- readBed' "tests/data/example_intersect_peaks.bed" :: IO [BED3]+    peaks <- readBed' "tests/data/peaks.bed" :: IO [BED3]     result <- readBed "tests/data/example.bed" =$= intersectBed peaks $$ sinkList     expect @=? result

@@ -0,0 +1,29 @@+module Tests.ChIPSeq (tests) where++import Bio.Data.Bed+import Bio.ChIPSeq+import Data.Conduit+import qualified Data.Conduit.List as CL+import Test.Tasty+import Test.Tasty.HUnit+import qualified Data.Vector as V+import Text.Printf++peaks :: IO [BED3]+peaks = readBed' "tests/data/peaks.bed"++tags :: Source IO BED+tags = readBed "tests/data/example.bed"++tests :: TestTree+tests = testGroup "Test: Bio.ChIPSeq"+    [ testCase "rpkm" testRPKM+    ]++testRPKM :: Assertion+testRPKM = do regions <- peaks+              r1 <- tags $$ rpkmBed regions+              r2 <- CL.sourceList regions $= rpkmBam "tests/data/example.bam" $$ CL.consume+              let r1' = map (printf "%0.6f") . V.toList $ r1 :: [String]+                  r2' = map (printf "%0.6f") r2+              r1' @=? r2'

@@ -3,32 +3,51 @@  import           Bio.Data.Bed import           Bio.GO.GREAT+import           Conduit+import           Control.Monad.Identity (runIdentity)+import           Data.Function          (on) import           Data.List import           Data.Ord  import           Test.Tasty import           Test.Tasty.HUnit -testData = (genes, results)-  where-    genes = [ (("chr1", 1000, True), 0)-            , (("chr1", 6000, True), 1)-            , (("chr2", 6000, True), 2)-            , (("chr2", 2000000, False), 3)+genes = [ (("chr1", 1000, True), 0)+        , (("chr1", 6000, True), 1)+        , (("chr2", 6000, True), 2)+        , (("chr2", 2000000, False), 3)+        ]++results = [ (BED3 "chr1" 0 2000, 0)+          , (BED3 "chr1" 1000 1007000, 1)+          , (BED3 "chr2" 0 1003000, 2)+          , (BED3 "chr2" 1003000 3005000, 3)+          ]++loops = [ (BED3 "chr1" 900 1200, BED3 "chr1" 10000 11000)+        , (BED3 "chr2" 0 100, BED3 "chr2" 5500 6500)+        ]++results3D = [ (BED3 "chr1" 0 2000, 0)+            , (BED3 "chr1" 1000 7000, 1)+            , (BED3 "chr2" 1000 7000, 2)+            , (BED3 "chr2" 1999000 2005000, 3)+            , (BED3 "chr1" 10000 11000, 0)+            , (BED3 "chr1" 10000 11000, 1)+            , (BED3 "chr2" 0 100, 2)             ]-    results = [ (BED3 "chr1" 0 2000, 0)-              , (BED3 "chr1" 1000 1007000, 1)-              , (BED3 "chr2" 0 1003000, 2)-              , (BED3 "chr2" 1003000 3005000, 3)-              ]  tests :: TestTree tests = testGroup "Test: Bio.GO.GREAT"     [ testCase "getRegulatoryDomains" testAssoc+    , testCase "get3DRegulatoryDomains" testAssoc3D     ]  testAssoc :: Assertion-testAssoc = do-    let result = sortBy (comparing snd) $ getRegulatoryDomains-             (BasalPlusExtension 5000 1000 1000000) $ fst testData-    snd testData @=? result+testAssoc = results @=? sortBy (comparing snd)+    (getRegulatoryDomains (BasalPlusExtension 5000 1000 1000000) genes)++testAssoc3D :: Assertion+testAssoc3D = sortBy (compareBed `on` fst) results3D @=?+    sortBy (compareBed `on` fst) (runIdentity $ yieldMany loops =$=+        get3DRegulatoryDomains genes 5000 1000 $$ sinkList)

@@ -1,20942 +1,20942 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